آیت‌ا... سیدجواد خامنه‌ای اهل خودنمایی و ابراز فضل نبود و تهجد و قناعت وی در زندگی، میان مردم شهرت داشت. او کمتر به منبر می‌رفت و ترجیح می‌داد بیشتر به پرسش‌های علمی پاسخ دهد و با تشکیل مجامع علمی، به کار رونق دانش در مشهد اشتغال داشته‌باشد. به همین دلیل، علمای دانشمند آن دوران و مراجع تقلید بزرگ دوره‌های بعد، مانند آیت‌ا... العظمی خویی، با آن مرحوم مراوده داشتندو در دهه 1320، ارتباطات منسجم علمی میان آن‌ها برقرار بود.