مشاور دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد معتقد است که انتقال این مناطق به عنوان زیرمجموعه وزارت اقتصاد موجب پیدایی محدودیت‌های خاص می‌شود و وزارتخانه مربوطه در جلسات کارشناسی مختلف مخالف این طرح بود.