مرتضی حنانه در 11 اسفند 1301 در خانواده ای که اکثر آن ها به شغل مهندسی اشتغال داشتند متولد شد. پدر او خدمات چشمگیری در ترویج دانش در ایران انجام داد که تاسیس دبیرستان ایرانشهر یکی از آن ها است. محمد حنانه به استعداد پسرش در زمینه موسیقی پی می برد و پس از پایان دوره دبستان او را به هنرستان موسیقی می فرستد.