در فساد سیستمی، خودِ ساختار حکمرانی، قوانین و رویه‌های مدیریتی به‌گونه‌ای دچار انحراف می‌شوند که فساد در بدنه اداری و سیاسی بازتولید می‌گردد؛ در حالی که فساد سازمان‌یافته، فعالیت برنامه‌ریزی‌شده یک شبکه پنهان برای کسب منافع نامشروع است. این دو، اگرچه در ظاهر مشابه‌اند، اما از نظر ریشه، گستره و شیوه مقابله تفاوت‌های بنیادین دارند.