دخالت و حاکمیت نهادها و بنیادها و سازمان‌های مختلف نظامی، امنیتی، کمیته امداد، بهزیستی، بنیاد 15 خرداد، بنیاد مستضعفان و بسیاری دیگر از نهادها و سازمان‌های دولتی و غیردولتی و شبه‌دولتی است که ۷۰ درصد پهنه‌های معدنی را در اختیاردارند، ازجمله مهم‌ترین مشکلات ساختاری و نهادی بخش معدن کشور است.