یکی از شیطنت‌های همیشگی دشمنان ولایت فقیه و شخص امام خمینی (ره) این بوده که نشان دهند بین ایشان و دیگر مراجع عظام و علمای حاضر در قم و کلا جهان تشیع، اختلاف عمیقی وجود داشته و بعضی‌ها این اختلاف را با سکوت نشان داده و برخی هم با اعتراضاتی که نهایتا در دوران یعد از پیروزی جمهوری اسلامی ، منجر به برخورد با آنها شد.