تصور براین است که سندرم روده چکه‌کن، زمانی اتفاق می‌افتد که لایه سلول‌های دیواره روده، تحریک می‌شود و وظایف خود را بخوبی انجام نمی‌دهد. به‌طور طبیعی این سلول‌ها سد محافظی هستند که ذرات غذا، سموم و میکروارگانیسم‌ها را جذب می‌کند.