حساسيت اصلى آيت الله ميلانى، روى مسأله ولايت بود و از آن جماعتى بود كه به دليل مسأله ولايت، از دايره مبارزه خارج گشتند. موضع گيرى آيت الله ميلانى عليه شريعتى، موقعيت دكتر را در مشهد متزلزل كرد و منبرى ها شديدا عليه او موضع گرفتند.