یکی از مزایای طرح چند منظوره ایرانرود، بهبود وضعیت طبیعی و آب و هوایی است. با تبدیل کردن کویرهای کشور به دریا، بارش حاصل از آب های تبخیری در کشور زیاد می شود که نتیجه آن بهبود وضعیت آب های زیر زمینی و تبدیل بخش های در معرض بیابان شدن به دشت های حاصلخیز خواهد بود.