چنانکه نویسنده در مقدمه خود توضیح داده، « ارتش سری روشنفکران » براساس یک «متدولوژی تاریخ‌نگاری» تازه در زمینه «تاریخ سری» و پیوند آن با «تاریخ اندیشه‌ها» نوشته شده و روایت ناگفته‌هایی از تاریخ سیاسی معاصر ایران و نیمه پنهان کارگزاران «فتنه سبز» و علوم انسانی سکولار است.