تفاوت دیدگاه‌ها میان مدیران کلان وزارت راه و شهرسازی و شهرداری تهران باعث شده در طول سال‌های گذشته بحث درباره چگونگی توسعه خطوط و ایستگاه‌های راه‌آهن به عنوان معضلی حل نشدنی مطرح شود معضلی که در صورت پیگیری‌های قانونی درباره آن به نظر می‌رسد راه‌آهن باید درباره‌اش حرف آخر را بزند و این شرکت نیز مدت‌هاست که تکلیف این موضوع را حل کرده است.